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苹果短信（iMessage）已读但仍显示未读数字提示可能有以下几个原因。
1、软件错误或系统bug：可能是由于操作系统或应用的bug导致的显示错误，这种情况下，尝试重新启动设备或者更新操作系统及iMessage应用版本可能会解决问题。
2、信息过滤：在“信息”应用中，你可能设置了过滤未知发件人的信息，如果过滤功能开启，来自非联系人或未知号码的短信可能会被标记为已读，但仍然会计入未读信息的数量。
3、通知设置：检查设备的通知设置，确保iMessage的通知已开启并且设置正确，有时通知被意外关闭或设置不正确也可能导致此类问题。
4、第三方应用干扰：某些第三方应用可能与iMessage产生冲突，导致短信计数显示异常，尝试暂时禁用或删除最近安装的应用，看是否能解决问题。
5、未完全加载信息：有时由于网络延迟或其他原因，信息可能没有完全加载，等待一段时间或尝试拉下信息列表刷新可能有助于解决问题。
如果这些方法都不能解决问题，建议联系苹果的技术支持以获取进一步的帮助。